ในปีซีอี สงครามระหว่างดินแดนธรรมชาติและพืชพันธุ์ยังคงดำเนินต่อไป นักวิทยาศาสตร์สาว เซลีน แม็กกริฟ และเด็กฝึกงาน เวนน่า เอส โฟรห์ลิช ทำงานร่วมกับหน่วยวิจัย โดยใช้กันดั้มทดลองรุ่นสตาร์เกเซอร์ สองปีผ่านไปเมื่อสงครามครั้งใหม่เริ่มขึ้น ส่งผลกระทบต่อพื้นที่ของพวกเขา ทำให้ทั้งสองต้องตัดสินใจใช้สตาร์เกเซอร์เพื่อปกป้องสถานีวิจัยและเทคโนโลยีที่อาจเปลี่ยนอนาคตของมนุษยชาติ