สไปเดอร์แมนและทีมของเขาต้องต่อสู้กับภัยคุกคามครั้งใหม่ที่ทรงพลังหลังจากซิน พ่ายแพ้ โดยได้เผชิญหน้ากับวายร้ายอย่างกรีนก็อบลินและด็อคอ็อคที่กลับมาอีกครั้ง รวมถึงการปรากฏตัวของฮีโร่ใหม่อย่างโนวา ในระหว่างนั้นปีเตอร์ ปาร์คเกอร์ต้องเรียนรู้ที่จะเป็นผู้นำทีมและทำงานร่วมกับเพื่อนร่วมทีมอย่างแท้จริง เพื่อปกป้องนิวยอร์กซิตี้จากอันตราย