หลังจากโรโบตันกลับมาเป็นปกติ ครอบครัวมาลโตและเหล่าออโตบ็อตร่วมมือกับมนุษย์ปกป้องโลก แต่ดีเซปติคอนที่นำโดยเมกะทรอนกลับมาอีกครั้ง พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามใหม่จากเอมบูชและปฏิวัติเทคโนโลยีที่เปลี่ยนหุ่นยนต์ให้กลายเป็นอาวุธร้าย การต่อสู้เพื่ออิสรภาพและความเข้าใจระหว่างมนุษย์และหุ่นยนต์จึงทวีความรุนแรงขึ้น