คาฟก้า ฮิบิโนะ ชายหนุ่มที่ล้มเหลวในการเป็นทหารกำจัดไคจู กลายเป็นคนทำความสะอาดซากไคจู แต่แล้ววันหนึ่งสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กเข้าไปในร่างของเขา ทำให้เขาสามารถกลายร่างเป็นไคจูหมายเลข ซึ่งเป็นไคจูที่ทรงพลังและมีสติสัมปชัญญะ เขาเข้าร่วมกองกำลังป้องกันประเทศเพื่อต่อสู้เคียงข้างเพื่อนเก่า มินะ อะซิโระ พร้อมกับซ่อนความลับที่เขาสามารถกลายเป็นมนุษย์ไคจูได้