เมื่อโลกถูกคุกคามอีกครั้งจากสปิริตปริศนานามว่า นัตสึมิ โทบิอิจิและหน่วย ต้องร่วมมือกับสปิริตทั้งหลายเพื่อจัดการกับหายนะครั้งใหม่ ในขณะเดียวกัน โทบิอิจิต้องพยายามเดทกับสปิริตที่ชื่อ โคโทริ เพื่อช่วยชีวิตเธอจากหายนะที่กำลังจะมา การต่อสู้และความสัมพันธ์ที่ซับซ้อนของพวกเขานำไปสู่การเปิดเผยความลับที่เกี่ยวข้องกับต้นกำเนิดของสปิริตและโลกที่แท้จริง