ในญี่ปุ่นภายใต้การปกครองของจักรวรรดินิวบริเทเนีย โรเซ่และอาเช่ สองพี่น้องนักต่อสู้เพื่อเสรีภาพ ได้เข้าร่วมปฏิบัติการยึดคืนดินแดน พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับศัตรูที่แข็งแกร่งและเผยความลับของอดีตที่ถูกปิดบัง ในขณะเดียวกันพลังพิเศษ โค้ดกีอัส ที่สืบทอดต่อกันมาก็ได้กลับมาถูกใช้เพื่อเปลี่ยนแปลงชะตากรรมของโลกอีกครั้ง