โค้ดเบรกเกอร์ เล่าเรื่องของโอโงะ เรย์ นักเรียนมัธยมปลายผู้มีความสามารถพิเศษและเป็นหนึ่งใน โค้ดเบรกเกอร์ ที่ใช้พลังไฟสีน้ำเงินล้างแค้นผู้ร้าย เขาได้พบกับซากุระโคจิ มิโฮโตะ นักเรียนสาวผู้มีพลังการรักษาและปฏิเสธความรุนแรง ทั้งคู่ร่วมมือกับโค้ดเบรกเกอร์คนอื่นๆ เพื่อต่อสู้กับองค์กรชั่วร้ายที่ใช้เด็กเป็นหนูทดลอง และพิสูจน์เส้นทางแห่งความยุติธรรมของตนเอง