โบบอยบอยและผองเพื่อนต้องปกป้องโลกจากกองทัพเอเลี่ยนของเรทาคอร์ปที่นำโดยเรทาคัปเทนและผู้ใต้บังคับบัญชาอย่างเฟนเจอร์ที่ต้องการยึดครองโลก พวกเขาต้องต่อสู้กับหุ่นยนต์ยักษ์และอุปกรณ์ต่างๆ พร้อมทั้งจัดการกับความสัมพันธ์ที่ซับซ้อนระหว่างตัวละคร เช่น การปรากฏตัวของออคโตบอทที่ถูกแปลงร่างและความลับของพลังโอคาโตะ ในที่สุดโบบอยบอยก็สามารถเอาชนะศัตรูและปกป้องโลกไว้ได้